En la primera fundación Pedro de Mendoza llamó al sitio Real de Nuestra Señora Santa María del Buen Ayre para cumplir la promesa que hiciera a la Patrona de los Navegantes. “Buen Ayre” era la castellanización del nombre de la Virgen de Bonaria a quien se veneraba en el santuario de Cagliari, Cerdeña, y que era también patrona de los navegantes de Cádiz, España.
En la segunda fundación, Juan de Garay le da al nuevo asentamiento el nombre de Ciudad de la Trinidad. La razón sería que la festividad más importante cercana a la fecha había sido la de la Trinidad o, según algunos historiadores, porque la nave ancló el día de dicha festividad. Pero al puerto le dio el nombre de Puerto de Santa María de los Buenos Ayres. Sin embargo los designios de Garay no tuvieron éxito ya que a pesar de que jamás hubo disposición oficial alguna que cambiara su nombre, el uso inapelablemente consagró desde el primer momento el nombre de Buenos Aires para la ciudad.
